Papež je na reorganizacijo cerkvene uprave v habsburških deželah gledal izključno pod vidikom notranje prenove Cerkve. Ljubljanski škofiji je želel podrediti celotno ozemlje oglejskega patriarhata na habsburškem ozemlju, vendar je moral popustiti cesarjevi volji. Papeška bula, datirana 6. septembra 1462, je tako le potrdila obseg škofije, ki ji ga je določil cesar. Pij II. je nato izvzel ljubljansko škofijo izpod patriarhove jurisdikcije in jo neposredno podredil Svetemu sedežu. Pravico do imenovanja škofov, prošta, dekana stolnega kapitlja in devet kanonikov si je pridržal cesar kot notranjeavstrijski nadvojvoda.

Za prvega škofa sta ustanovitelja ljubljanske škofije določila njunega skupnega prijatelja Sigismunda Lamberga (1463 –1488), ki je v naslednjih letih upravno, gospodarsko in pastoralno vzpostavil ljubljansko škofijo. Umrl je 8. junija 1488 v sluhu svetosti. Žal danes v razvalinah gradu Kamen ni sledu o njegovem grobu, kamor so ga prenesli sorodniki leta 1678.

Do danes je ljubljanski škofiji vladalo 29 škofov in šest nadškofov (od tega pet metropolitov), prav vsak izmed njih pa bi si zaslužil samostojno monografijo. Štirje ljubljanski škofje so postali nadškofije, ko so Ljubljano zapustili: Ferdinand Franc grof Kuenburg je leta 1711 postal nadškof v Pragi, Avguštin Gruber je leta 1823 postal nadškof v Salzburgu, Jakob Missia je leta 1898 postal nadškof v Gorici, Anton Bonavetnura Jeglič pa je ob upokojitvi leta 1930 postal naslovni garelenški nadškof. Nasprotno pa je nadškof in metropolit Mihael Brigido, ko je leta 1806 zapustil Ljubljano, postal »navaden« škof v Spišu na današnjem Slovaškem. Dva ljubljanska (nad)škofa sta po odhodu iz Ljubljane dosegla kardinalsko čast, goriški nadškof Missia leta 1899 in prefekt Kongregacije ustanov posvečenega življenja in družb apostolskega življenja Franc Rode leta 2006. Za njegove izjemne zasluge na cerkvenem, političnem in vojaškem področju je cesar Karel V. 26. maja 1533 podelil škofu Ravbarju in njegovim naslednikom knežji naslov. Knežji naslov je bi začasno odpravljen z ukinitvijo ljubljanske nadškofije 21. avgusta 1807. Brez knežjega naslova sta ostala škofa Anton Kavčič (1807 – 1814) in Avguštin Gruber ( (1815 – 1823). Cesar Franc I. ga je 12. januarja 1826 ponovno podelil škofu Antonu Alojziju Wolfu. Ljubljanski knezoškofi so ga nato nosili do razpada avstroogrske monarhije leta 1918. Naslov je tudi cerkvenim knezom omogočal neposreden stik s cesarjem, kar je s pridom izkoristil n. pr. škof Anton Bonaventura Jeglič pri gradnji Zavoda sv. Stanislava in ustanovitvi prve popolne gimnazije, ki je imela celoten pedagoški program izključno v slovenskem jeziku. V sluhu svetosti je leta 1963 umrl nadškof Anton Vovk, za katerega je nadškof Franc Rode leta 1999 začel uradni postopek za beatifikacijo.

Prva dolžnost in skrb vsakega škofa je nedvomno njegova pastoralna dejavnost. V tem pogledu se mi zdi skorajda krivično izpostaviti posameznega škofa. Vsi so bili izjemne, močne osebnosti, lahko bi rekli, da so bili pravi ljudje v pravem času na pravem mestu. Tudi tisti, ki so se kot npr. Urban Textor (1543 – 1558), Oton Friderik grof Buchheim (1641 – 1664) ali Ferdinand Franc grof Kuenburg (1701 – 1711) zaradi cerkvenih ali državnih obveznosti veliko mudili izven svoje škofije. Škof Tomaž Hren (1597 – 1630) je po naročilu notranje avstrijskega nadvojvode, ki je uresničeval določila augsburškega verskega miru »cuius regio illius religio«, vso svojo energijo vložil v rekatolizacijo svoje škofije istočasno pa si poglobljeno prizadeval za duhovno prenovo duhovnikov in vernikov skladno z odloki tridentinskega koncila. Koncil je škofom naročil, da morajo redno vizitirati svojo škofijo in o stanju vsake štiri leta poročati v Rim. Dragocene vizitacijske zapisnike, ki so izjemen vir za versko, družbeno in umetnostno zgodovino so nam zapustili zlasti Rinaldo Scarlichi in Jožef grof Rabatta v 17. stoletju, ter Anton Alojzij Wolf v 19. stoletju. Njihova poročila v Rim pa hrani Vatikanski tajni arhiv. Pastoralna navodila duhovnikom so škofje posredovali na letnih sinodah, ki so se vse do druge polovice 18. stoletja vršile v Ljubljani in Gornjem Gradu. Nato so postale redkejše, škof Jeglič je vodil tri, že pripravljeno sinodo leta 1914 pa mu je preprečil izbruh prve svetovne vojne. Obsežen pastoralni program duhovne prenove ljubljanske škofije sta pripravili sinodi leta 1940, ki jo je vodil škof Gregorij Rožman in sinoda, ki jo je leta 1998 – 1991 uresničil nadškof Alojzij Šuštar. Duša vseslovenske sinode leta 2000 je bil nadškof Franc Rode.

V tej zvezi moramo omeniti prizadevanje za bolj smiselno in pastoralno učinkovitejšo teritorialno zaokrožitev ljubljanske škofije, ki je bila vse do konca 18. stoletja razdeljena na šest, med seboj nepovezanih otokov znotraj oglejskega patriarhata in deloma salzburške nadškofije. Na pereč problem je opozoril že škof Buchheim sredi 17. stoletja, cesarjevo podporo in soglasje Rima pa so doživeli predlogi škofa Karla Janeza Herbersteina v drugi polovici 18. stoletja. V širšem kontekstu teh reform je ljubljanska škofija dobila zaokroženo ozemlje na Kranjskem, leta 1788 pa je bila povzdignjena v nadškofijo in sedež metropolije za jugozahodni del takratne monarhije.

Pri tem moramo omeniti še eno značilnost ljubljanskih škofov, ki so po rodu prihajali iz različnih delov monarhije. Vsi niso bili slovenskega rodu, toda nihče se v Ljubljani ni počutil kot tujec. Vsi so se imeli za »domačine«. Vsi brez izjeme so se zavedali, da je za večino njihovih vernikov materin jezik slovenščina. Zato so si vsi brez izjeme prizadevali, da bi njihovi duhovniki vernikom oznanjali božjo besedo v lepem in razumljivem slovenskem jeziku, da bi vernikom približali zakramentalne obrede, skladno z rimskimi predpisi seveda, v njihovem materinem jeziku. Škof Gruber, Dunajčan po rodu, se je s pobudo za ustanovitev kranjskega deželnega muzeja v Ljubljani še posebej zavzel za ohranitev slovenske kulturne dediščine; Tomaž Hren v prvi polovici 17. stoletja, Karel Janez Herberstein ob koncu 18. stoletja in Anton Alojzij Wolf v prvi polovici 19. stoletja so poskrbeli za slovenski prevod Svetega pisma, Wolf tudi za pripravo obeh slovarjev, slovensko nemškega in nemško slovenskega, ki po kvaliteti še vedno nista presežena. Izjemno širino duha pa sta pokazala Tomaž Hren in Jožef Rabatta, ki sta svojim duhovnikom dovolila uporabo Dalmatinovega prevoda Svetega pisma in nam tudi na ta način ohranila ta neprecenljivi zaklad slovenske jezikovne dediščine slovenskih protestantov iz konca 16. stoletja.

Okoliščine so celo vrsto ljubljanskih škofov pritegnile v vrtinec političnega dogajanja v preteklosti. Že prvi ljubljanski škof Sigismund Lamberg se ni mogel izogniti obveznostim deželnega grofa pri organiziranju obrambe proti Turkom. Njegov naslednik Krištof Ravbar je odigral pomembno vlogo v avstrijsko beneških vojnah, postal glavni intendat avstrijske vojske in dosegel naslov maršala. Sodi med vrhunske diplomate takratnega cesarstva. Urban Textor je bil cesarjev spovednik in svetovalec. Janez Tavčar in Tomaž Hren sta bila vladna namestnika notranjeavstrijske vlade v Gradcu. Ferdinandu Francu Kuenburgu je cesar Jožef I. zaupal kar nekaj kočljivih diplomatskih poslaništev, med drugim ga je določil za spremstvo nadvojvodinje Marije Ane k poroki s portugalskim kraljem Janezom V. v Lizbono. Izjemne diplomatske sposobnosti in neverjetno vztrajnost je dokazal škof Karel Janez Herberstein v pogajanjih z dunajskim dvorom za prenovo cerkvene uprave v notranjeavstrijskih deželah. Škof Anton Bonaventura Jeglič je bil tri desetletja nestor slovenske politike kot najvišja moralna avtoriteta v Slovenski ljudski stranki in odločilno pripomogel k nenasilni razdružitvi večine slovenskih dežel z monarhijo. Alojzij Šuštar je s svojim apelom na papeža, nekatere evropske poslance in predvsem predsednike škofovskih konferenc po svetu odločilno pripomogel k hitremu končanju sovražnosti in mednarodnemu priznanju Slovenije. Nadškof Franc Rode pa je z imenovanjem za prefekta ene najpomembnejših kongregacij v Rimu in pritegnitvijo v kardinalski zbor postal sooblikovalec »politike« Svetega sedeža v najlepšem pomenu te besede.

Izjemno vlogo so ljubljanski škofje odigrali tudi na kulturnem področju. Vseh podrobnosti seveda ni mogoče naštevati. Naj omenil le nekatere, s katerimi se še vedno največkrat srečujemo. Za obnovo in prezidavo stare gotske stolnice so poskrbeli škofje Sigismund Lamberg, Oto Friderik Buchheim, Tomaž Hren in Jožef Rabata. Pri novi stolnici sta se angažirala Sigmund Krištof Herberstein in Ferdinand Franc Kuenburg. Prenovo zunanjščine nove stolnice je izpeljal škof Anton Vovk, notranjščine pa nadškofje Alojzij Šuštar, Franc Rode in Alojz Uran. Veličastno cerkev v Gornjem Gradu je dal pozidati škof Ernest Amadej Attems. Škofijski dvorec v Ljubljani je dobival svojo sedanjo podobo postopoma. Z gradnjo je začel Krištof Ravbar, posodabljali in lepšali so ga škofje Tomaž Hren, Oto F. Buchheim (pozidano gornje nadstropje), Sigmund K. Herberstein (arkadno stopnišče), Sigmund F. Schrrattenbach (dozidan severni trakt), Jakob Missia (kapela).

Pomemben gradbeni spomenik je škofijski dvorec v Goričanah, ki ga je začel zidati škof Buchheim in dokončal škof Rabatta. V njegovo gradbeno strukturo je pomembno posegel tudi škof Attems. Po desetletjih odtujitve ga je ponovno pridobil nadškof Rode. Trenutno so v teku obsežna sanacijska dela. Zidavo bogoslovnega semenišča ob ljubljanski stolnici je začel škof Kuenburg ter nadaljevala škofa Franc Karel Kaunitz in Sigmund Feliks Schrattenbach. Zavod za revne študente na današnji Poljanski cesti v Ljubljani, imenovan Alojzijevišče, je dal sredi 19. stoletja pozidati škof Wolf, mogočno stavbo Zavoda sv. Stanislava s prvo popolno slovensko klasično gimnazijo pa v začetku 19. stol. škof Jeglič. Stavbo, ki jo je v začetku druge svetovne vojne zaplenil nemški okupator, po vojni pa Jugoslovanska ljudska armada, je škofiji uspelo pridobiti nazaj šele v desetletju po osamosvojitvi Slovenije. Obsežna prenovitvena dela dodobra uničene stavbe so bila opravljena pod nadškofoma Alojzijem Šuštarjem in Francom Rodetom, ko je v leta 1993 obnovljenem Zavodu sv. Stanislava ponovno začela delovati najprej Škofijska klasična gimnazija, nato pa še Jegličev dijaški dom, Glasbena šola, Slovenski dom, Študentski dom Janeza F. Gnidovca in Studia slovenica. Prenovo stavbe, ki še vedno ni končana, skrbno spremlja sedanj nadškof Alojz Uran. Pomemben gradbeni projekt je bil uresničen pod nadškofom Pogačnikom s prizidkom Teološke fakultete, Anton Vovk pa je sodeloval pri pobudi za ustanovitev študijskega zavoda za slovenske duhovnike v Rimu, imenovanega Slovenik.